ANA naît le 27 décembre 1952 sous le nom de Japan Helicopter and Aeroplane Transports Company, une structure fondée au lendemain du traité de San Francisco qui met fin à l’occupation américaine et permet au Japon de recréer un réseau aérien national. Les débuts sont littéralement portés par l’hélicoptère, la compagnie démarrant un service dédié dès février 1953, avant de recevoir en octobre de la même année l’autorisation d’exploiter des vols réguliers à voilure fixe. Le premier vol cargo régulier relie Tokyo à Osaka en décembre 1953 à bord d’un de Havilland Dove, une première pour un pilote japonais depuis la fin de la guerre.

L’entreprise change de nom en décembre 1957 pour devenir All Nippon Airways, puis fusionne dès mars 1958 avec Far East Airlines, une compagnie concurrente fondée quelques jours seulement avant elle. Les années 1960 et 1970 sont celles d’une croissance rapide, portée par l’essor du marché domestique japonais et l’entrée dans l’ère du jet avec le Boeing 727 en 1965. Cette période de développement est cependant ternie par le scandale Lockheed du milieu des années 1970, une affaire de corruption impliquant l’achat d’appareils L-1011 TriStar qui provoquera la démission du gouvernement japonais et éclaboussera durablement la réputation des compagnies nationales du pays, ANA comme Japan Airlines.

Longtemps cantonnée au marché intérieur, faute d’autorisation pour desservir des lignes internationales régulières réservées à sa rivale JAL, ANA obtient progressivement l’ouverture de ce marché au cours des années 1980 et développe alors un réseau mondial. L’adhésion à Star Alliance en octobre 1999 marque une étape stratégique majeure, ancrant définitivement la compagnie dans le premier cercle des transporteurs mondiaux. En 2011, ANA devient le client de lancement du Boeing 787 Dreamliner, devenu depuis l’ossature de sa flotte long-courrier.

La structuration en groupe s’accélère dans la décennie suivante, avec la création d’ANA Holdings en 2013 comme société faîtière, et le lancement de filiales dédiées au low-cost : Peach Aviation en 2012 sur le court-courrier, puis Air Japan sur le segment long-courrier à bas coût. La compagnie cultive également des lignes touristiques emblématiques, notamment sa desserte Tokyo-Hawaï exploitée en Airbus A380 sous la livrée « Flying Honu », un choix singulier pour une compagnie par ailleurs très majoritairement équipée en Boeing.

Sur le plan le plus récent, ANA Holdings a passé en février 2025 sa plus importante commande de l’histoire du groupe, portant sur 77 appareils Airbus, Boeing et Embraer pour un montant catalogue de plus de 13 milliards d’euros, incluant 18 Boeing 787 supplémentaires et 15 Embraer E190-E2 pour le réseau régional. La compagnie poursuit en parallèle l’intégration de Nippon Cargo Airlines dans ses opérations de fret, l’introduction de nouveaux A321neo et A321XLR pour Peach Aviation, ainsi que le retrait programmé de ses derniers Boeing 777-300 domestiques d’ici mars 2027, au profit d’une flotte long-courrier de plus en plus homogène autour du 787.